El organigrama y las funciones de la EVES vienen regulados en la ORDEN 4/2023, de 13 de octubre, de la Conselleria de Sanidad, por la que se que desarrolla el  DECRETO 135/2023, de 10 de agosto, del Consell, por el que se aprueba el reglamento orgánico y funcional de la Conselleria de Sanidad.
En la Sección II. Unidades administrativas de la Dirección General Personal, Artículo 28. Subdirección General de la Escuela Valenciana de Estudios de la Salud, se establece su organización y competencias. 
Su estructura es la siguiente:
Subdirección General de la EVES, Servicio de Gestión Administrativa y Servicio de Docencia
(ORDEN 4/2023, de 13 de octubre, de la Conselleria de Sanidad)