L'organigrama i les funcions de l'EVES venen regulats en l'ORDRE 4/2023, de 13 d’octubre, de la Conselleria de Sanitat, per la qual es desplega el Decret 135/2023, de 10 d’agost, del Consell, d’aprovació del Reglament orgànic i funcional de la Conselleria de Sanitat.
En la Secció II. Unitats administratives de la Direcció General de Personal, Article 28. Subdirecció General de l'Escola Valenciana d'Estudis de la Salut, s'estableix la seua organització i competències. 
La seua estructura és la següent: Subdirecció General de l'EVES, Servei de Gestió Administrativa i Servei de Docència (ORDRE 4/2023, de 13 d’octubre, de la Conselleria de Sanitat).